Estas fueron sus características:
- Organización en Departamentos, Servicios y Secciones dentro de tres grandes divisiones, médica, médico administrativa, y administrativa. Las unidades básicas eran los servicios o secciones de técnicas especializadas. Este dispositivo, vigente en la actualidad, impulsó de manera extraordinaria el desarrollo y la responsabilidad de las especialidades médicas y quirúrgicas. Igualmente se establecieron servicios generales, como laboratorios, radiodiagnóstico, etc. Y una notable innovación fue la creación de las policlínicas de los distintos servicios, puesto que éstas no existían en las llamadas residencias del seguro, dedicadas sólo a la hospitalización quirúrgica.
- Todos los facultativos y el personal sanitario tenían dedicación completa al hospital, con horario de 9 de la mañana a 6 de la tarde ininterrumpidamente. Los enfermos eran remitidos de otros centros y de otras provincias de fuera de Madrid por presentar problemas diagnósticos o terapéuticos. La asistencia de enfermos no pertenecientes a la Seguridad Social estaba permitida en un 15 por ciento de las camas de hospitalización, como en muchos otros hospitales públicos europeos.
- Otro de los grandes objetivos del nuevo hospital fue la docencia iniciada con la formación de especialistas mediante el sistema rotatorio de internos y residentes. La primera convocatoria pública para médicos residentes tuvo lugar en agosto de 1964, siendo la primera que se realizaba en un hospital de Seguridad Social. En 1969 Puerta de Hierro se adscribe a la recién creada Universidad Autónoma, junto al Hospital La Paz y la Fundación Jiménez Díaz, constituyendo el núcleo clínico de la nueva Facultad. La docencia se amplió más tarde al ámbito de la enfermería y los técnicos con la creación de la Escuela de Enfermería y la Escuela de Técnicos en 1972; Técnicos de Laboratorio y de Radiodiagnóstico en 1973, y Técnicos de Medicina Nuclear y Radioterapia en 1978.
- La investigación fue otro de los grandes objetivos de la Clínica Puerta de Hierro, creándose servicios exclusivos para tal fin, que colaboraban con proyectos comunes con el resto de los servicios médicos y quirúrgicos. Se incorporaron al hospital químicos, físicos, ingenieros y matemáticos que, junto a los técnicos que se estaban formando, pusieron en marcha los servicios del sector de investigación: cirugía experimental, bioquímica, inmunología y endocrinología experimental. Puerta de Hierro colaboró en la organización y funcionamiento del Fondo del Descuento Complementario de la Seguridad Social que fomentó una política de becas y ayudas a la investigación y que fue origen del Fondo de Investigaciones Sanitarias de la Seguridad Social (FIS). En 1970 se fundó el primer Laboratorio de Histocompatibilidad para trasplantes de España.
- La Clínica Puerta de Hierro creó el primer centro asistencial para la formación de especialistas de Medicina de Familia en la localidad de Pozuelo, que empezó a funcionar en 1980, demostrándose con ello que la atención primaria podía modernizarse también con las mismas exigencias de calidad de los grandes hospitales.
La contribución de la Clínica Puerta de Hierro a la modernización hospitalaria española ha sido positiva; su organización fue aplicada a otros hospitales que pasaron a denominarse “jerarquizados” y en los que también se estableció la docencia de posgraduados. Puerta de Hierro fue, en definitiva, un centro piloto y catalizador de las transformaciones que el país y la Medicina estaban demandando.
Una de las actividades más relevantes del hospital son los trasplantes, iniciada en 1968 con la realización del primer trasplante renal. A esta actividad siguió, posteriormente, la realización de trasplantes cardiacos (en 1984, se llevó a cabo en este hospital el primero con éxito de la Comunidad de Madrid), hepáticos, pulmonares y cardiopulmonares.
El hospital mantiene su triple función asistencial, docente e investigadora y destaca por el número de programas clínicos de trasplante de órganos y tejidos, por la complejidad casuística asistencial respecto a la media de los hospitales del país, y por ser centro de referencia nacional en algunas especialidades. Además, con la apertura de la nueva sede, se amplia la cartera de servicios con nuevas especialidades, en concreto, las de pediatría, obstetricia hospitalaria, cirugía maxilofacial, angiología y cirugía vascular periférica, y nuevas unidades como la unidad de neonatología y unidad de cuidados paliativos de hospitalización.
Los profesionales, sin renunciar a los principios fundacionales, se adaptan a las nuevas necesidades de salud de los ciudadanos en el nuevo emplazamiento más cercano al núcleo de su área asistencial, ofreciendo una asistencia de calidad en un centro vanguardista de instalaciones confortables y dotado con equipos de tecnología de última generación.