El Hospital Universitario del Sureste dispone de una estructura organizativa eficiente que se basa en valores de servicio a la población, correcto trato humano, respeto, seguridad y confort. Tiene al paciente, sus necesidades y expectativas, como eje de su actividad y de las decisiones que se toman.
Es un hospital de la red pública de la Comunidad de Madrid, que presta asistencia sanitaria especializada a la población asignada por la Consejería de Sanidad. Desde el 1 de julio de 2016 que entra en vigor lo dispuesto en el artículo 6, Titulo II, Sección II de la Ley 9 /2015, de 28 de diciembre, de Medidas Fiscales y Administrativas, el Hospital Universitario del Sureste pasa a ser un modelo de gestión directa manteniendo la dependencia del SERMAS.