A la hora de realizar las estimaciones de actividad y su consecuente dimensionamiento, se ha tenido en cuenta la estructura física del Centro.
El Hospital Universitario del Sureste, estructuralmente, es un edificio flexible y modular, concebido con capacidad para modificar su estructura en función de las necesidades futuras.
Distribuido en patios interiores que proporcionan al interior luz natural, el área técnica está a su vez separada del resto y ocupa un edificio diferenciado.
Dispone de nueve plantas, las dos inferiores destinadas a plazas de aparcamiento.