La actividad asistencial del Servicio de Cirugía General y Aparato digestivo del Hospital de Fuenlabrada se inició de forma progresiva a principios del año 2004, conforme se fueron incorporando los distintos miembros elegidos en el proceso de selección y según se fueron iniciando las distintas actividades previstas en su Cartera de Servicios.
La actividad de Consultas Externas hospitalarias fue la primera en ponerse en marcha, en el primer trimestre de ese año Posteriormente, en marzo comenzó la cirugía menor ambulatoria, en abril fueron intervenidos los primeros pacientes en régimen de Cirugía Mayor Ambulatoria y a continuación se realizaron las primeras intervenciones con hospitalización.
En Junio de 2004 se procedió a la apertura del Área de Urgencias realizándose las primeras intervenciones urgentes.
En abril de 2005 se incorporó un el primer residente procedente del Hospital General de la Defensa para completar el resto de su formación mediante un acuerdo entre ambas comisiones de Docencia. Posteriormente se alcanzó la Acreditación Docente de la especialidad y se han ido integrando un residente cada año.
En 2006 se crea la unidad de cirugía de la carcinomatosis peritoneal. Actualmente el hospital es centro de referencia nacional de este tipo de procedimientos: se nos derivan pacientes de varios hospitales de la Comunidad de Madrid y de otros centros de España, y se tratan alrededor de 100 casos al año.
En 2009 suscribió el Convenio con la Universidad Rey Juan Carlos por la que el hospital se convertía en Hospital Universitario, comenzando la docencia para el Grado de Medicina, con clases prácticas en nuestro Servicio.
En 2017 la Asociación Española de Coloproctología otorga la acreditación de Unidad Avanzada de Coloproctología a la sección de cirugía colorrectal, siendo la primera que la obtiene en la Comunidad de Madrid.