En 1991, se decide por parte del Servicio Regional de Salud la separación del Hospital de Villa del Prado de cualquier dependencia orgánica o financiera del Hospital General Universitario Gregorio Marañón, dotándole de organigrama y programa financiero específicos.
En 1996, y como consecuencia de la decisión de la gerencia del Servicio Regional de Salud, pasa a modificar su cartera de servicios con la oferta creciente de camas de media estancia para tratamientos rehabilitadores y enfermos tributarios de cuidados paliativos, provenientes desde entonces de todos los hospitales de agudos de la Comunidad de Madrid. Este mismo año el Hospital cambia de nombre y pasa a llamarse Hospital Virgen de la Poveda.
Se inició también un proceso de cambio que se realizó de forma paulatina, reconvirtiendo camas de larga estancia en camas de media estancia a través de su liberación mediante traslados de pacientes a Residencias.
Como resultado de esta política, fue posible la habilitación, en 1997, de 40 camas de Media estancia que se dedicaron al ingreso de pacientes paliativos y necesitados de rehabilitación. En años sucesivos se han puesto en marcha un total de 200 camas dedicadas a servicios de hospitalización de media estancia.
Al mismo tiempo que se modificaba la Cartera de Servicios, se inició un ambicioso programa de remodelación y modernización del edificio, que aún continúa, y que pretende adecuar las instalaciones del Hospital al tipo de pacientes que recibimos. Esta remodelación contempla la eliminación de barreras arquitectónicas así como el incremento del confort hostelero del Centro y se ha completado ya en la planta baja y parte de la primera planta del Hospital.
Una de las claves de esta modificación de la actividad del Hospital ha sido la del establecimiento de alianzas con los Hospitales de agudos que constituyen nuestros principales proveedores de pacientes. Así se establecen programas de derivación de pacientes con los Hospitales de Móstoles, Fundación Alcorcón y Hospital de Fuenlabrada, y otros Hospitales como el Hospital Severo Ochoa de Leganés, el Hospital de Getafe o el Hospital 12 de Octubre de Madrid, además desde marzo del 2012, fecha en la que fue inaugurado el Hospital Rey Juan Carlos de Móstoles, ambos hospitales hemos iniciado programas de colaboración específicos que van a venir a mejorar la atención Sanitaria de los habitantes de los pueblos de la zona de influencia del Hospital Virgen de la Poveda.
Así se ha pactado la realización de radiología simple ambulatoria, solicitada desde sus Centros de Salud y que ahora se llevan a cabo en el Hospital Virgen de la Poveda, ahorrando así desplazamientos de más de 60 km a los usuarios. En años venideros esperamos poder poner en marcha otras posibles actividades, como las de Teleconsulta de diversas especialidades.