Los principios que subyacen en la estructura organizativa son los siguientes:
- La investigación es un producto hospitalario y, como tal, depende de la Dirección-Gerencia y de las distintas Direcciones del Hospital.
- Dada la relevancia de la investigación, y para su coordinación con las actividades docentes del Hospital con las que tiene una estrecha relación, se creó en 1998 la Subdirección Médica de Docencia e Investigación.
- Debido a la complejidad e individualidad de muchas de las actuaciones administrativas de investigación, esta Subdirección se ha dotado de unas estructuras de apoyo, que entre otras misiones, tienen la de encargarse de la coordinación de las actividades para simplificar los procedimientos, racionalizarlos y acercar la gestión del Hospital a los investigadores.
Estas estructuras son coordinadas por la Subdirección Médica de Docencia e Investigación, en colaboración con la Dirección de Gestión y sus Subdirecciones. Además, dan soporte administrativo a la Comisión de Investigación y al Comité Etico de Investigación Clínica. La investigación experimental en el Hospital "Ramón y Cajal" se realiza en la actualidad tanto en el Departamento de Investigación como en laboratorios dependientes de Servicios Clínicos (Endocrinología, Genética Clínica, Hematología, Medicina Interna, Nefrología, Oncología, Gastroenterología) o de Servicios Centrales (Hematología, Bioquímica, Anatomía Patológica, Genética Médica, Microbiología, Genética Molecular, Inmunología). Además, el Hospital dispone de una Unidad de Bioestadística Clínica, que da soporte metodológico al conjunto de la investigación realizada.
El Departamento de Investigación, consta de cuatro Servicios (Bioquímica-Investigación, Bio-Electromagnetismo, Neurobiología e Histología), una Sección de Neurofisiología Experimental y Unidades de Cirugía Experimental y Animalario.
De todos ellos hay información específica en la web.
Al margen de las estructuras referidas, el conjunto de Servicios y Unidades del hospital llevan a cabo múltiples estudios de investigación biomédica y sanitaria, tanto proyectos con financiación externa como ensayos clínicos.
La información detallada de estos aspectos figura en los diversos apartados de este "canal" de investigación, en la propia de los Servicios y Unidades y en las Memorias anuales.