La forma de ejercer el control interno de la gestión económico - financiera es el control financiero, de acuerdo con lo previsto en el artículo 2, apartado 3, del Decreto 45/1997, de 20 de marzo. El control financiero se ejerce mediante la técnica de auditorías y en ejecución de un plan anual de auditorías. En la actualidad se siguen dos modelos de auditoría: financiera y de cumplimiento.
Por la técnica de auditoría financiera, la unidad comprueba que la contabilidad del Hospital y demás estados contables presenten razonablemente la situación patrimonial y financiera del centro.
Por la técnica de auditoría de cumplimiento, esta Unidad opina sobre la adecuación a la normativa en vigor de los procesos de gestión de gastos y de ingresos.
Además, algunos de los miembros que integran esta Unidad tienen encomendadas las funciones inherentes a la Intervención que se derivan de la existencia a Mesas de Contratación.