En España, la Cirugía había sido una de las disciplinas más beneficiadas por las reformas de la Ilustración, en gran parte por la aparición de los Reales Colegios de cirugía ya referidos. A finales del siglo XVIII, en 1799, se fusionaron los estudios y los títulos de médicos y cirujanos, que quedaron subordinados a una Junta General Común. No obstante, hubo una nueva separación, por intereses creados, que alcanzó hasta 1827, fecha en que se crearon los Colegios de Medicina y Cirugía, por la influencia de Pedro Castelló y Ginestá (1770-1850). Este cirujano castrense, fue catedrático de los Colegios de Cirugía de Santiago de Compostela, Barcelona y San Carlos de Madrid. Acertó a curar a Fernando VII de un ataque de gota, que los médicos de la Corte no habían logrado aliviar, pasando de disidente encarcelado por el Rey a ser su cirujano personal. Castelló propone al Monarca reglamentos y leyes que permitan a la Medicina adoptar un modelo unitario y completo. La reforma inicia sus pasos el 30 de junio de 1827 con la creación de la Real Junta Superior Gubernativa de Medicina y Cirugía, siendo Pedro Castelló vocal. Se alcanza de esta forma en España la fusión entre la Medicina y la Cirugía, que se llevará a cabo de forma definitiva al unificarse los Colegios y las Universidades en 1843. También se debe a Castelló la influencia necesaria para que se construyera el edificio de San Carlos en la calle de Atocha, sede de la Facultad de Medicina y del Hospital Clínico hasta su traslado a la Ciudad Universitaria.
En 1845, reinando Isabel II, se incorporó el Colegio de San Carlos a la Universidad Central y pasaron de catedráticos supernumerarios a numerarios los doctores Castelló y Tagle (Historia de la Medicina); Corral y Oña (Partos); Sánchez Tuca (Medicina Operatoria) y Calleja (Patología Médica).
Julián Calleja Sánchez (1836-1913), fue decano de San Carlos durante más de un cuarto de siglo, periodo en el que mejoraron las instalaciones y medios materiales para el desarrollo de las ciencias morfológicas. Es esta etapa destaca Santiago Ramón y Cajal como profesor de Histología e Histoquímica.