La Cátedra de Patología General del Profesor Manuel Bermejillo fue la primera que se trasladó desde Atocha a las nuevas dependencias de la Ciudad Universitaria, quedando el 20 de enero de 1951 como fecha histórica por iniciarse el traslado de actividades a nuestro Hospital actual. Igualmente debe anotarse para la historia que el primer paciente de nuestro actual Hospital fue María Garrido Berjano, ingresada el 21 de enero de 1951, en la cama nº 1 de la Sala IV, con un diagnóstico de fiebre por infección local. Fue dada de alta, totalmente curada, el 6 de abril de 1951.
En la siguiente fase se terminaron, en su totalidad, las obras de la 2ª planta del ala sur, trasladándose la Cátedra de Patología General II, del Profesor José Casas Sánchez desde Atocha. Es relevante mencionar que el primer paciente atendido en esta Cátedra fue Joaquina Hernán Macedo, ingresada el 17 de enero de 1955, siendo tratada por el Dr. Pedro Zarco Gutiérrez con el diagnóstico de neoplasia de pulmón, dada de alta y trasladada al Instituto Nacional del Cáncer el 31 de enero.
El ingreso en el Clínico de enfermos del Seguro Obligatorio de Enfermedad (SOE) se realizó a partir del 18 de octubre de 1962, de acuerdo con el Convenio Regulador firmado entre el Instituto Nacional de Previsión (INP) y la Dirección General de Enseñanza Universitaria.
El 1 de octubre de 1965 marcó el fin de las actividades del viejo Hospital de la calle de Atocha. Se trasladaron todas las cátedras al nuevo Hospital, instalándose provisionalmente en el ala sur hasta que finalizasen las obras del ala norte. La vieja Facultad de Medicina de San Carlos en la calle de Atocha, se clausuró después de 122 años de actividad. En 1970 estas instalaciones pasaron a ser la sede del Colegio Oficial de Médicos de Madrid.
El 7 de octubre de 1968 se firmó el convenio regulador de la colaboración entre la Universidad y la Seguridad Social.
En febrero de 1969, y una vez superadas todas las dificultades que surgieron tras la aprobación del proyecto en 1928, se logró inaugurar el Hospital, adecuándose todas las cátedras, departamentos y unidades para cumplir la tripe función: docente, asistencial e investigadora.
Distintos problemas competenciales y legales entre los Ministerios de Educación y de Trabajo y Seguridad Social (después de Sanidad) mantuvieron al Hospital Clínico en una situación real de indefinición jurídica durante los años setenta y parte de los ochenta.
En 1986 se integra el Hospital Clínico San Carlos en la Red de Hospitales del sector público por Real Decreto 1.558 de 19 de junio. Se estableció una cesión demanial por la que la Universidad mantiene la propiedad de los terrenos y del edifico, pero el Instituto Nacional de La Salud (INSALUD), dependiente del Ministerio de Sanidad y Consumo, asume la gestión total e íntegra al personal. Las relaciones entre ambas instituciones se rigen por un concierto. Desde el 1 de enero de 2002, en que el INSALUD es transferido a la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid, es el Gobierno regional, a través del recién creado Instituto Madrileño de la Salud, el que ha heredado todas las competencias del extinguido INSALUD. El concierto con la Universidad Complutense se encuentra prorrogado tácitamente en los mismos términos.