En abril de 1936 el Clínico estaba prácticamente concluido pero el estallido de la Guerra Civil convirtió al edificio en frente de guerra en el mes de septiembre, cuando los dos bandos se enfrentaron en el límite noroeste de Madrid. Su ubicación en el Cerro del Pimiento representaba una posición privilegiada para controlar los movimientos de tropas de los alrededores. Hubo ocasiones en que unas plantas estaban ocupadas por soldados de un bando y otras por las del contrario.
Después de la Guerra Civil los edificios de la Ciudad Universitaria fueron reconstruidos con el mismo estilo arquitectónico y algunos de ellos por los mismos arquitectos anteriores al conflicto bélico, no ocurrió así con Sánchez Arcas que fue depurado tras la guerra e inhabilitado a perpetuidad para el ejercicio público y privado de su profesión. Guerra.
El nuevo Estado no podía abandonar una obra de carácter nacional notablemente fundada y cuya utilidad y urgencia no habían disminuido. El 10 de febrero de 1940, por Ley Especial, se constituyó la Junta Constructora de la Ciudad Universitaria. El 22 de mayo de 1941 el Consejo de Ministros aprueba la reconstrucción del Hospital Clínico, nombrando a Miguel de los Santos, Pascual Bravo y Agustín Aguirre arquitectos para la realización de las obras.
Las obras de estructura del edificio, conforme al proyecto aprobado, se demoraron más de lo previsto, tanto por cuestiones políticas como económicas. Debido a su gran extensión se tuvo que reconstruir por fases hasta su finalización en el año 1949. El director del Hospital de San Carlos en Atocha, Profesor Francisco Martín Lagos (1897-1972), consigue, tras innumerables gestiones a todos los niveles, el presupuesto necesario para habilitar las plantas baja, primera y segunda del ala sur; obteniendo todos los recursos, tanto humanos como materiales, para desarrollar de esta forma la actividad asistencial de dichas plantas.