Dentro del Servicio, la actividad se desarrolla en diferentes secciones o áreas, encargadas monográficamente de perfiles profesionales definidos.
Estas secciones, con uno o más laboratorios adjuntos cada una de ellas, son:
- Hemocultivos
- Líquidos estériles y biopsias
- Muestras respiratorias
- Exudados y heridas
- Vigilancia de la infección
- Urocultivos
- Coprocultivos
- Infecciones de transmisión sexual
- Hongos
- Parásitos
- Micobacterias
- Serología microbiana
- Microbiología molecular (incluye PCR SARS-CoV-2)
Junto a todo lo anterior existe otra área genérica de "Recepción de muestras clínicas". Completan el espacio físico asignado un almacén de productos y una cámara fría acondicionada para la conservación de productos que necesitan refrigeración, así como la mitad de un espacio compartido con Genética médica, destinado a técnicas moleculares.
En 2020 se incorporó un espacio para neveras y congeladores.
Finalmente, se dispone de 3 despachos y una biblioteca, destinados a las actividades de los profesionales del Servicio.
El Servicio está acreditado por Consejo Nacional de Especialidades para la formación de especialistas en Microbiología y Parasitología. En el funcionamiento del mismo se incluyen actividades docentes, para todos los estamentos que lo componen.
También tiene alguna actividad de investigación aplicada que se concreta en publicaciones y comunicaciones a congresos y reuniones científicas.